آیا در این صورت با شهرداری مشکل حقوقی پیدا میکنم؟

با سلام و سپاس
قبلا از طولانی شدن پرسش عذرخواهی میکنم
من اقدام به تهاتر یک واحد آپارتمان با یک ساختمان دو طبقه نموده ام تا در آن سکونت کنم. آپارتمان من نوساز است و نامه دارایی و شهرداری بدون مشکل آماده انتقال سند می باشد. اما ساختمان دو طبقه ای که خریداری نموده ام برای گرفتن نامه شهرداری به مشکل خورد و شهرداری منطقه مربوطه پس از کش و قوس طولانی نامه ای به این شرح ارائه داده:
عمارت مربوطه دارای ۱۸۰ متر زمین و ۲۶۲ متر بناست که با مجوز بنیاد مسکن بنا شده و نسبت به پروانه صادره دارای تخلف احداث طبقه اول مسکونی بوده که تخلفات به کمیسیون ماده ۹۹ ارجاع شده و تاکنون منجر به صدور رای نهایی نگردیده و هرگونه رای صادر گردد مالک ملزم به اجرای آن می باشد. ملک دارای ۴۱ متر عقب نشینی می باشد. عوارض نوسازی ملک مربوطه پرداخت گردیده و نامبرده (مالک کنونی ملکی که بنده خریداری نمودم) ضمانت بانکی به مبلغ ۵۰ میلیون تومان جهت ضمانت نزد شهرداری سپرده که شایسته است دفترخانه مراتب این نامه را به خریدار (بنده) تفهیم و در متن سند قید نماید.
حالا سئوال من اینجاست که من هرگونه عقب نشینی رو مطابق قرار قبلی پذیرفته ام هرچند آن زمان فکرمیکردم ۳۰ متر عقب نشینی داشته باشد ولی در مورد تخلف احداث طبقه اول اگر رای به تخریب داده شود چه اتفاقی می‌افتد؟ شهرداری گفته رای تخریب به جریمه تبدیل می شود ولی اگر جریمه بیش از این مبلغ شد چی؟ من سند آپارتمان به نامش بزنم دیگه دستم به جایی بند نیست! ضمنا بلافاصله پس از ثبت سند به نام خودم درنظر دارم خانه را در حق فرزندانم صلح کنم لطفا راهنمایی بفرمایید.